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Screening et diagnostic des microbiotes en physiologie humaine
Objectifs
Programme
Appréhender les différentes techniques et technologies de méta-génomiques (séquençage, outils bio-informatiques, analyses NGS…) à des fins de diagnostic et de screening des microbiotes en physiologie humaine.
Enseignements théoriques :
– Appréhender les NNGS avec un focus spécifique sur la technologie d’Oxford Nanopore™ et le MinION
– Appréhender les banques de séquences et moteurs de recherche (Genbank, EMBL, Swissprot, NCBI, Entrez, SRS)
– Appréhender la diversité des microbiotes en physiologie humaine (étude de la diversité des microbiotes, lien avec le métabolisme, lien avec la physiopathologie)
Travaux dirigés :
– Manipulation de données de séquençage NGS à partir de la plateforme GALAXY
– Nettoyage des données – Screening de communauté bactérienne sur des microbiotes spécifiques par alignement de séquence. (Alignements multiples) (Recherche spécifique région V3, V4, V5)
Travaux pratiques :
– Analyses de résultats de séquençage obtenus à partir du MinION d’Oxford Nanopore™ (étude de cas concret). L’ensemble du logigramme d’analyse sera ainsi apporté par cette étude de cas concret.
Public visé
Cette formation s’adresse à toute personne souhaitant faire le lien entre les études moléculaires et le screening microbiologique en matière de santé humaine.
Prérequis
Cette formation s’adresse à des personnes présentant déjà des bases solides en biologie moléculaire. (Module 2 de biologie moléculaire, les fondamentaux théoriques et pratiques en microbiologie
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