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- Revue des nouvelles générations de séquençage (NGS) et analyse des données associées
Revue des nouvelles générations de séquençage (NGS) et analyse des données associées
Objectifs
Programme
– Faire une revue exhaustive des différentes technologies de
séquençage haut débit, détection de variant, génotypage SNP,
étude du transcriptome
– Initiation à la plateforme GALAXY pour l’analyse de données
de séquençage
NGS, NEXT GENERATION SEQUENCING : ÉVOLUTION DES
TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE, UTILITÉ ET PERSPECTIVES
– NGS seconde génération : Illumina, Roche 454, SOLiD Applied
– NGS troisième génération : Pacific Biosciences
– NGS quatrième génération : Nanopore
ANALYSES BIOINFORMATIQUES
– Structure des gènes et annotation
– Analyse des génomes
– Banques de séquences et moteurs de recherche
(Genbank, EMBL, Swissprot, NCBI, Entrez, SRS)
ANALYSES DE DONNÉES DE SÉQUENÇAGE À PARTIR DE LA
PLATEFORME GALAXY
– Alignement, assemblage et mapping sur un génome de référence
– Détection de SNP/variant
– étude de RNA-seq (transcriptome)
– Exome-seq
Public visé
Cette formation s’adresse à un public initié à la biologie moléculaire et à la génétique : techniciens , ingénieurs et chercheurs.
Prérequis
travailler en laboratoire de biologie moléculaire et être initié en génétique moléculaire
Méthodes pédagogiques
Modalités d'évaluation
QCM, TD et TP.
Informations complémentaires
Sanction visée
Attestion de suivi de formation avec résultat des acquis remise au stagiaire à la fin de la formation.
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