Revue des Nouvelles Générations de Séquençage (NGS) et analyse des données associées

– Faire une revue exhaustive des différentes technologies de séquençage haut débit, détection de variant, génotypage SNP, étude du transcriptome

– Initiation à la plateforme GALAXY pour l’analyse de données de séquençage

NGS, NEXT GENERATION SEQUENCING : ÉVOLUTION DES

TECHNIQUES DE SÉQUENÇAGE, UTILITÉ ET PERSPECTIVES

– NGS seconde génération : Illumina, Roche 454, SOLiD Applied

– NGS troisième génération : Pacific Biosciences

– NGS quatrième génération : Nanopore

ANALYSES BIOINFORMATIQUES

– Structure des gènes et annotation

– Analyse des génomes

– Banques de séquences et moteurs de recherche (Genbank, EMBL, Swissprot, NCBI, Entrez, SRS)

ANALYSES DE DONNÉES DE SÉQUENÇAGE À PARTIR DE LA PLATEFORME GALAXY

– Alignement, assemblage et mapping sur un génome de référence

– Détection de SNP/variant

– étude de RNA-seq (transcriptome)

– Exome-seq